Nel 1959 chiesa e convento tornarono in possesso dei frati minori conventuali che, con il contributo della Cassa per il Mezzogiorno, promossero il restauro dei due edifici, progettato dall'architetto Ezio Bruno De Felice. Il restauro, pur prevedendo la ricostruzione di qualche porzione, consisté soprattutto dell'abbattimento delle strutture aggiunte per l'utilizzo come caserma. La chiesa fu riaperta al culto il 21 dicembre 1968.

La chiesa conventuale ha l'entrata rivolta ad ovest, su Piazza Dogana. Nell'angolo della piazza, a sinistra della chiesa, si trova l'ingresso del convento, articolato intorno ai due chiostri che si susseguono a nord della chiesa.

L'affresco quattrocentesco della Trinità e dei santi Bartolomeo, Giovanni e Francesco
L'accesso alla chiesa di San Francesco avviene tramite un pronao, delimitato tramite tre archi a tutto sesto che poggiano su due coppie di colonne. Altre due colonne, con capitelli romani reimpiegati, si trovano ai fianchi del portale d'ingresso all'interno. Di queste sei colonne, cinque sono in granito e potrebbero provenire dal tempio di Iside che sorgeva in città in età romana. Nelle mura del pronao si vede anche un fregio a motivi vegetali di reimpiego.Sulle due pareti corte ai lati sono resti di affreschi: una Madonna in trono a sinistra e un pellegrino a destra.

La chiesa si articola in un'unica, spaziosa navata ed un'abside a pianta rettangolare in fondo. Danno luce alla navata un rosone posto sulla facciata e una serie di monofore sui due lati; quelle del lato sinistro, però, sono state ricostruite durante i restauri del dopoguerra in quanto la muratura, costituita di pietre di fiume legate con abbondante malta, era in stato di avanzato degrado. Le finestre sono decorate con vetrate decorate moderne. Il tetto attuale si regge su una serie di capriate lignee. Prima dei restauri, la facciata conservava ancora le volute barocche dei restauri settecenteschi.

All'interno, la navata si presenta spoglia, scandita soltanto da un'alternanza di rientranze arcuate e di lesene. È più interessante l'abside la cui copertura è, ancora oggi, una volta a crociera a sesto acuto. La finestra in fondo all'abside è stata ostruita dalla costruzione di abitazioni in aderenza. Presumibilmente l'abside era interamente decorata da affreschi, di cui oggi rimane soltanto qualche traccia nelle nicchie.

L'affresco meglio conservato si trova sulla parete di fondo, ed è datato al XV secolo. Raffigura, nella parte alta, la Trinità fra la Madonna e san Giovanni evangelista; e nella parte bassa, scandita in tre parti da due colonne tortili, san Bartolomeo, san Giovanni Battista e san Francesco d'Assisi. Sulla parete sinistra è rappresentato Pietro Stampalupo, donatore della chiesa di San Costanzo ai francescani, nell'atto di pregare inginocchiato al Cristo Liberatore (XV secolo). Sulla parete destra sono una Madonna dell'Umiltà di scuola napoletano-giottesca (1360 circa), nonché una Resurrezione sopra un portale, entrambe molto rovinate.

Nulla rimane delle cappelle laterali della chiesa. In una descrizione del 1687 si parla di due cappelle ai lati dell'ingresso: quella a destra era dedicata alla Vergine Immacolata con relativo quadro di Girolamo Macchietti del 1583 e, ai lati di esso, due tele del beneventano Donato Piperno del 1587. Di fronte a essa era la cappella di san Gaetano di patronato dei marchesi del Tufo. Verso il fondo della navata era la cappella della Confraternita di Sant'Antonio con altare dedicato al Santissimo Crocefisso: tale cappella aveva un proprio ingresso autonomo nel fianco destro della chiesa e tuttora visibile, benché murato, con il suo portale di pietra del 1635. Infine vi era la cappella con le sepolture della nobile famiglia Controvieri, passata ai Basalù. In precedenza si vedeva un'ulteriore sepoltura nel pavimento della chiesa, che ospitava le spoglie di una ragazza.

Parzialmente diverso era l'assetto degli altari nel 1710, alla fine dei restauri post-terremoto. Ne rimase uno dedicato a sant'Antonio (di patronato della famiglia Chiarella, ma ceduto ai frati nel 1721); la dedicazione all'Immacolata passò all'altar maggiore (completato nel 1707 ad opera dei maestri napoletani Antonio e Lorenzo Fontana) mentre a san Francesco era consacrato un altare laterale; vi erano poi gli altari di sant'Anna (della famiglia d'Enea) e di san Nicola (della famiglia Coscia, poi ceduto ai frati).

Nella chiesa erano anche conservate delle reliquie: «Il Cilicio di S. Francesco. I Pianelli di S. Bonaventura, asservati in una Cassettina d'Avorio assai Nobile. Il Braccio di S. Costanzo, che si serba in un antico braccio d'Argento».